La temporada 98-99 comenzaba con un Caja prácticamente desde cero. La directiva se decidió por un entrenador joven, aunque con experiencia sobrada. Javier Imbroda llegaba a Sevilla tras toda una vida entrenando a los equipos de Málaga. Con el entrenador llegaron cinco nuevos jugadores, dos nacionales, Jacobo Odriozola y el exiliado del R. Madrid Mike Smith y tres extranjeros, Andre Turner, Chuck Kornegay y, tras dos, años, volvía Richard Scott.
La temporada se puede resumir con solo dos palabras: mejor imposible. El equipo que creó Imbroda rápidamente quedo constituido como un bloque. Desde el principio dio señales de que haría grandes cosas, consiguiendo en la pretemporada la Liga Andaluza.
Durante la Liga, el Caja se consolida como un gran equipo defensivo, pero que también sabía meter puntos. El primer objetivo conseguido fue el de entrar en la fase final de la Copa del Rey. Para sorpresa de todos, el Caja llegaa a la final, dejando en el camino al anfitrión, el Pamesa Valencia, y al todopoderoso Barcelona. En la final esperaba el Tau Ceramica, que aprovechando los pocos errores que cometió el equipo cajista consiguió el título.
Esto supuso un fuerte golpe para el Caja, que tras la Copa tardó algunos partidos en encontrarse a sí mismo. Poco a poco, y sin duda con el apoyo del entrenador, el Caja volvió a jugar con la constancia defensiva y la presión de partidos anteriores, llegando al final de la liga regular en la tercera posición.
En PlayOff por el título volvía a tocarle, como en la Copa del Rey, el Pamesa Valencia, que venía de perder la final de la Recopa. No lo puso nada facil el equipo de Valencia, pero en un magnmfico quinto partido en el Pabellón San Pablo se logró la victoria.
En semifinales, el R. Madrid. Otra dura eliminatoria, teniendo en cuenta, además, que el equipo de Madrid tenía la ventaja de campo. Pero el Caja no se dejó sorprender y ganó los dos partidos  en el Pabellón de la Ciudad Deportiva madridista. En el tercer encuentro en casa se jugó ante la mayor entrada de espectadores que nunca había recibido el Pabellón de San Pablo. Pero el equipo no pudo mantener el nivel mostrado en Madrid.
No obstante, en el cuarto partido todo fue diferente y el equipo de Imbroda superó sin problema a los madridistas.
En la final otra vez el Barça, como tres años atrás. Y ante todo una gran diferencia, el número de partidos jugados por uno y otro equipo. El Caja llegó a esta eliminatoria habiendo disputado 9 partidos, mientras que el equipo catalán sólo 6. Además, la ACB sólo dejó al Caja descansar dos más, por lo que la eliminatoria quedó sentenciada en los dos primeros partidos en la Ciudad Condal.
Otra vez quedaba el Caja eliminado por el Barcelona por 3-0.