Dado que las diferentes opciones elegidas para el banquillo desde la marcha de Imbroda no habían conseguido devolver al Caja San Fernando a su verdadero sitio en la ACB, el club apostó en la temporada 2005-06 por una mirada hacia el interior. El consejo de administración decidió dar la alternativa a Javier Fijo, un técnico criado en la cantera cajista que había secundado a los diferentes primeros espadas que habían ido pasando por el banquillo en los últimos años. Fijo se convirtió en el primer técnico sevillano en entrenar a un equipo ACB, incluido el Caja San Fernando, ocupando el puesto de segundo otro hombre de la casa, Rocky Jarana, hasta entonces en el filial de Liga EBA.
La planificación deportiva mantuvo un claro tinte continuista, por cuanto la plantilla preservó la base de la anterior temporada con hombres como Slanina, el capitán Raúl Pérez, Cazorla o el base Carlos Cherry, quien reencarnaba a la perfección la imagen que se quería transmitir. Aparte, se fichó a uno de los mejores bases nacionales, Carles Marco; al croata Branimir Longin, en tanto que Javier Fijo se comprometió a sacar provecho del joven Kaspars Cipruss y apuntaló el juego interior con A. J. Bramlett. La excelente pretemporada realizada dio pie a que en todos los sectores se viera al Caja San Fernando como el más que probable equipo revelación de la temporada.
Nada más lejos de la realidad que trajo el inicio de la competición. Pese a la espectacular exhibición anotadora del primer partido liguero en San Pablo ante el Vive Menorca, el equipo no encontraba su identidad y la plantilla no evidenciaba la química necesaria y que en otras campañas sí se apreciaba con claridad. La derrota en casa ante el CB Valladolid en la séptima jornada liguera hizo saltar las alarmas, al encontrarse el Caja en la 15ª posición con tan sólo dos victorias y con los puestos de descenso acariciándole los talones. El cese de Javier Fijo hizo que el club virara en su apuesta y se pusiera en manos de un técnico experto como el veterano Manel Comas.
Llegado del CB Murcia entonces en la LEB, Comas trabajó a fondo para regenerar la imagen de un bloque con apariencia indolente y demasiado condicionado por las individualidades. Dominando poco a poco un vestuario muy tocado, el preparador catalán consiguió al menos que el equipo reaccionara a rachas. Al final de la primera vuelta seguía en el fondo de la tabla, 16ª y a una derrota del descenso. La reacción que acompañó al inicio de la segunda fase de la competición tuvo un claro punto de inflexión con la derrota consechada en San Pablo ante el Ricoh Manresa mediando una inexplicable canasta de Albert Olivé cuando sólo restaban 6 décimas para el final del encuentro.
El desenlace minó en demasía la moral de la plantilla, que volvió a tocar su sima ya con los griegos Giannoulis y Kommatos como nuevos referentes. La aportación de ambos resultó escasísima, aunque además el segundo de ellos volvió a endiablar el espíritu del vestuario, más o menos restablecido por Comas. Por fortuna, el técnico catalán, que también contó con el fichaje del pívot australiano Chris Anstey, logró que el equipo remontara el vuelo en un magnífico tramo final. En la penúltima jornada, pese a caer en Vitoria, certificó la permanencia matemática y terminó undécimo en la tabla tras ganar en casa al Gran Canaria, mediando un esfuerzo extraordinario por parte de toda la plantilla y el fundamental apoyo de la afición. El Caja salvó los muebles y aprendió la lección.
